یک مقدار زیادی از موسسات آموزش عالی در سراسر قرقیزستان وجود دارد. این شامل حدود سی و هفت دانشگاه های دولتی و هجده دانشگاه های خصوصی. دانشگاه های برجسته در قرقیزستان عبارتند از: دانشگاه آسیای مرکزی و دانشگاه ملی قرقیز.