اوگاندا میزبان قدیمی ترین دانشگاه در شرق و مرکزی آفریقا است که دانشگاه ماکرره. این دانشگاه تا به قطب دانشگاهی برای چند دهه نه تنها دانش آموزان اوگاندا بلکه دانش آموزان دیگر در منطقه بوده است. اوگاندا تا کنون بیش از 30 دانشگاه های دولتی.